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英特尔芯为抗癌出力 发现基因变异速率快3-5倍

作者: 来源:CNET科技资讯网 时间:2014-04-11 18:17:20
关键字:英特尔 芯片 基因 抗癌

CNET科技资讯网 4月11日 北京消息:英特尔公司和布洛德研究所近期联合宣布了其在研究基因信息、及探测药物环境下的基因突变领域所取得的新进展。通过英特尔®高级矢量扩展指令集在英特尔至强处理器服务器上对布洛德研究所的最新版基因组分析工具(GATK 3.1)的优化,提升了基因分析处理速度,而此次速率的提升,将会显著加快对癌症基因样本、神经退化疾病和心血管疾病等方面的研究进展。

加速基因分析速度

2014年3月26日,英特尔公司和布洛德研究所宣布了长期以来两者合作在基因研究方面取得的巨大进展。GATK 3.1——布洛德研究所的最新版基因组分析工具,通过英特尔®高级矢量扩展指令集在英特尔®至强TM处理器服务器上的优化,其发现基因变异的效率总体提升了3~5倍,这将加速基因研究的科学发现,突破基因研究挑战。

此次优化,将以往需要3天时间的基因组序列分析缩短到1天之内;此外,GATK 3.1 现在可支持处理DNA样本组成的数据,可处理的数据量比以往增加了近100倍。这种速度的提升,将使得那些之前被认为无法实现的新药研发成为可能,例如癌症、神经退化疾病和心血管疾病等。

“通过这次和英特尔的里程碑式的合作,我们显著减少了 Variant Caller (GATK中的重要工具之一)的运行时间。” 布洛德研究所基因测序与分析小组的组长 Eric Banks说。

“英特尔与布洛德研究所的专家们通力合作,致力于解决当今最为重大的科学研究所存在计算瓶颈问题。” 英特尔公司高级副总裁,数据中心事业部总经理Diane Bryant表示,“我们将坚定不移地迎接这些意义重大的挑战,让个人化定制药品对于每一个人来说都成为现实。”

通力合作英特尔技术助推科学研究

作为英特尔和布洛德研究所基因组学平台合作的一部分,英特尔利用英特尔®高级矢量扩展指令集提高了布洛德研究所GATK软件的性能。GATK 3.1是布洛德研究所新开发的一款用来分析下一代基因重测序数据的软件包。该软件在世界上拥有成千上万的用户,可为用户提供种类繁多的工具,致力于发现基因变异和基因分型,并且对数据质量有非常高的保证。GATK凭借其稳健的体系架构,强大的处理引擎和高性能的计算特性让它够胜任任何类型的项目。

英特尔®高级矢量扩展指令集为256位扩展指令集,是基于可支持英特尔多类平台包括笔记本和服务器的英特尔®SSE指令集的扩展。此外,英特尔®高级矢量扩展指令集也为高度计算密集型应用而设计,它大幅提升了应用性能,可更好管理数据,非常适用于如图像、视频/音频处理、科学模拟、财务分析以及3D模型分析等应用。

关于哈佛和麻省理工学院的布洛德研究所

哈佛和麻省理工学院的布洛德研究所成立于2004年,致力于探寻方法来描述生命的分子构成以及它们之间的相互关系,发掘重大人类疾病的分子基础,为诊断和治疗开发新的有效途径,并且分享其发现的成果、工具、方法和数据。

由洛杉矶的两位高瞻远瞩的慈善家Eli和Edythe L. Broad连同麻省理工学院、哈佛及其附属医院一起成立的布洛德研究所,囊括了来自哈佛和麻省理工学院生物医学研究院的教授、专业人员和学生以及一些其他机构,并与世界上40多个国家超过100所的私立或公立研究所进行跨越式合作。

更多有关布洛德研究所的信息,请点击www.broadinstitute.org

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